На сессии Народного Хурала депутат Сергей Мезенин, представляющий Прибайкальский район, поднял вопрос о будущем озера Котокель. К нему обратились местные жители: они недоумевают, что каждую весну пробы воды показывают заражение, но дальше этого дело не идёт.
По словам депутата, озеро закрыто, рыбу там ловить нельзя, туристы не приезжают, хотя жители Прибайкалья рассчитывали продавать приезжим сельхозпродукцию. Мезенин официально потребовал от профильных органов ответить, какие меры принимаются и когда водоём снова станет доступен для людей.
В январе 2025 года власти заявляли, что реабилитация водоёма завершена и его экологическое состояние улучшилось. Мелководье очистили от камыша, рогоза и отмершей растительности на площади 6,5 гектара, а береговую полосу — на протяжении 3,9 километра. Третий этап оздоровления начался в июле 2024 года.
В 2023 году озеро очищали от ила и донных отложений с помощью земснаряда, а извлечённый грунт помещали в 20 геотуб на побережье. Донные отложения — сапропели — считаются ценным удобрением с микроэлементами и аминокислотами, повышающим плодородие почвы.
Несколько лет назад Котокель поразила гаффская болезнь: в Прибайкальском районе гибли кошки и собаки, которых кормили рыбой из водоёма, начался мор рыбы. В 2011 году недуг выявили у трёх граждан Китая, евших выловленного в озере леща; с 2008 года пострадал 21 человек, один умер. Болезнь вызывал токсин, образующийся в сточных водах, которые десятилетиями стекали в озеро без очистки.